COM-порт это потоковая штуковина. Считайте, что с точки зрения компьютера работа с ком-портом это получение / отправка непрерывного потока данных.
Ни компьютер, ни подключенное устройство не имеют ни малейшего представления о том, что вы ожидаете какой-то конкретный ограниченный по объему набор байт. Они отдают ровно то, что есть в буфере на текущий момент.
Посему, правильно будет делать так:
одна часть приложения постоянно что-то читает из порта и добавляет считанное в конец общего буфера.
другая часть приложения выбирает с начала общего буфера данные до тех пор, пока не поймет, что "вот оно - сообщение полностью прочитано". И после этого считанное удаляет из начала буфера.