1. Фреймы просто создавать динамически, в рантайме. Панельки с содержимым обычно накидывают на саму форму. С учетом кучи пунктов опций - получается гигантская каша, в которой без 100 грамм не разберешься.
2. Каждый фрейм - в отдельном модуле. Очень просто искать, редактировать, править функционал и при необходимости - удалять. В отличие опять-таки от этих панелек. Только не надо сами фреймы кидать на форму, как это делается с другими визуальными компонентами!