Рабочее решение, сбросить HitTest в False для слоев. Они перехватывают события.
Для 3D объектов BringToFront и BringToBack не работают так, как вы ожидаете. Поскольку у 3D объектов это положение зависит от точки наблюдения. Вместо этого в вашем случае нужно использовать ось Z.
Зачем для 2D интерфейса использовать 3D форму?
Это не оправдано. Отмечу, что выбор использования 2D или 3D формы зависит от вашего варианта использования. Например:
2D форма. Когда преобладающая часть контролов - это 2D контролы. Чтобы использовать 3D объекты, используйте встроенные TViewPort3D. Если нужны 3D эффекты в редких случаях, то проще на момент создания эффекта добавить в корень формы TViewPort3D с TLayer3D, затем перенести туда все ваши контролы. выполнить эффекты и восстановить обратно. В этом случае не будет и проблем с нажатием в 3D форме.
3D форма. Все тоже, что и в 2D форме только со знаком минус.