Назначение свойства Stored
Stored - нужно, чтобы указать нужно ли сохранять созданный объект в ресурсы формы или нет. Например, стилевые объекты не должны сериализоваться и сохраняться в ресурсы формы поскольку стиль загружается динамически в рантайме. И если он сериализуется в дизайн тайме, то в рантайме будет двойная загрузка стиля. Первый раз из ресурсов, второй раз уже динамически механизмом стилизации. Что как вы понимаете не верно. Поэтому у таких объектов, создаваемых в рантайме Stored устанавливается в False.
Это свойство никак не влияет на работу обработки событий мыши. Без stored все должно работать корректно.
В чем ошибка?
Однако у вас есть ошибка, которая к этому поведению и привела и связана с неиспользованием свойства Stored.
Первый раз, когда вы бросаете компонент на форму, он создает в дизайн тайме прямоугольник и привязывает его к вашему контролу. Все бы ничего, но когда вы сохраняете форму, ваш прямоугольник сериализуется в ресурсы формы.
Затем идет запуск программы. Вначале отрабатывает конструктор вашего компонента и он, естественно, создает прямоугольник в рантайме. Но затем идет чтение еще одного прямоугольника, который читается и располагается поверх созданного контролом прямоугольника. Но в отличии от первого он уже не имеет заданного обработчика.
В итоге в рантайме, созданный прямоугольник располагается внизу. А затем он перекрывается аналогичными прямоугольниками, созданными из ресурсов формы.
Вот и весь секрет