Нет не нужно его засовывать в ресурс. Создаете его при развертывании приложения как обычно.
Если нужно сделать начальные установки, то в методах класса TIniFile есть Read*** который возвращает значения по умолчанию в качестве параметра если нечего читать:
Settings.ZonesColor := IniFile.ReadInteger('Settings','ZonesColor',TAlphaColors.Navy);
В данном случае, если в группе Settings не найдется параметр ZonesColor, то ReadInteger вернет значение Navy, если найдет вернет тот параметр, который там прописан.
Я обычно при развертывании создаю INI файл с начальными установками, сохраняю его и потом с ним работаю.