Теперь после сборки ваш класс java будет добавлен в файл classes.dex (да! файл classes.dex ниоткуда не копируется, он собирается из файлов которые указаны в этом списке (см.картинку) поэтому его можно легко дополнить собственными классами java или убрать ненужные системные).
Остается вопрос компиляции файла исходников java в jar-файл, но тут уж каждый сам за себя...