Официальная цитата Embarcadero:
Смотрите http://docwiki.embarcadero.com/RADStudio/XE5/en/Using_SQLite_with_FireDAC
Создавайте БД без шифрования, а затем, в приложении ее шифруйте штатными инструментами FDSQLiteSecutiry http://docwiki.embarcadero.com/Libraries/Tokyo/en/FireDAC.Phys.SQLite.TFDSQLiteSecurity
Перед выгрузкой, если необходимо для тестирования и проверки данных, снимайте шифрование и выгружайте. Тогда сможете открыть любым внешним средством.
Да, и это не баг-фича студии, это официальное поведение