Можно просто вызывать как внешнее приложение с нужными параметрами. Я к примеру на сервере Asterisk на лету пережимаю wav в ogg таким образом - все работает превосходно.
Если не хотите использовать внешнее приложение, то у ffmpeg отличная документация, в том числе и по работе с вызовами функций из библиотек, так что дополнительная прокладка в виде компонента может и не понадобиться. В линуксе же можно подключать библиотеки so, по аналогии с windows dll ? Тут мои знания и опыт очень ограничены, но предполагаю что нет ничего не возможного )))