Ну это вопросы к разработчикам системы, почему они решили что то, что пользователь закрыл, должно из памяти выгружаться системой (да, оно висит в recent, но на деле может быть выгружено - это вы видите, когда запускаете снова от туда, и все данные и состояние теряется.) JNI тут не причем.
Почитайте первоисточник (доки по андроиду от гугла, про жц активити. Оно одно, обычно, для всего приложения на делфи)
Ну и попробуйте "закрыть" тот же навигатор гугла. Что будет? - поделитесь результатом