Разница есть. И она не только в вызове Synchronize, но и Queue.
Указание потока в качестве источника метода синхронизации позволяет вам впоследствии сделать TThread.RemoveQueuedEvents(myThread) перед его удалением.
Вызов RemoveQueuedEvents необходим, если в синхронизируемых методах может идти обращение к полям и методам уничтожаемого потока. Потому что с удалением потока то, что подлежало синхронизации, никуда не пропадет, а раз поток уже не существует - у вас вылезет AV на ровном месте. Или же ваш код испортит чью-то память, что еще труднее отловить.