Системе не навредит, просто смысла в этом нет. Лучше упаковать архиватором, или инсталлятором.
Упакованные exe распаковываются целиком в память, и остаются там до конца, плюс дольше запускаются.
Не упакованные exe загружаются по сегментам, частично, только то, что нужно. http://api.farmanager.com/ru/articles/packers.html
Я такой обычно код вставляю в dpr файл, для Windows проектов.
uses
Windows;
{$IFDEF RELEASE}
{$SETPEFlAGS IMAGE_FILE_RELOCS_STRIPPED or IMAGE_FILE_DEBUG_STRIPPED or
IMAGE_FILE_LINE_NUMS_STRIPPED}
{$WEAKLINKRTTI ON}
{$RTTI EXPLICIT METHODS([]) FIELDS([]) PROPERTIES([])}
{$ENDIF}
Конечно же нужно выбрать Release в Build Configurations в правой панели.
Есть смысл упаковывать вирусы итп, чтобы быстрее скачать, чтобы зашифровать и сменить сигнатуру. Или кеиген или что-то подобное.